民用航空局為配合政府開發東部及發展國內空運事業，於五十一年五月十五日成立花蓮航空站為飛航國內線之乙種航空站。

九十年四月二十七日，奉行政院正式核定日本包機可在本場起降，為本局第一個開辦國際航線之乙種航空站。

花蓮航空站新航廈於93年3月18日舉行啟用典禮，3月19日正式營運。花蓮新航廈的設計，就是融合了原住民住屋的特色，與漢族合院式住宅的意象，又富有輕鬆、休閒的氣氛，所以新航廈的外觀像一隻振翅高飛的大鵬鳥顯示了花蓮地區百業及經濟起飛蓬勃發展的新希望，同時也成為西太平洋岸的地標。