花蓮航空站組織編制如下：
主 任：綜理站務，指揮監督所屬人員。
航務組：掌理飛航安全、航空人員及航空器之查驗、機場消防、救護等事項。
業務組：掌理場站之管理營運、設備維護與旅客服務等事項。掌理文書、事務、財產、出納、公共關係、一般行政及不屬其他各組室事項。掌理人事管理業務。
主計室：掌理歲計、會計事項、並兼辦統計事項。
政風室：掌理政風業務。