今日的花蓮航空站,成立於五十一年五月十六日,目的為了開發東部及發展國內空運事業。九十年四月二十七日,花蓮機場開始讓日本包機在本場起降,是全國第一個開辦國際航線的乙種航空站。

花蓮航空站新航廈於93年3月18日舉行啟用典禮,3月19日正式營運。花蓮新航廈的設計,就是融合了原住民住屋的特色,與漢族合院式住宅的意象,又富有輕鬆、休閒的氣氛,所以新航廈的外觀像一隻振翅高飛的大鵬鳥顯示了花蓮地區百業及經濟起飛蓬勃發展的新希望,同時也成為西太平洋岸的地標。

花蓮航站,極力推展國內與國際民航業務,並結合花蓮地區觀光事業的推展,使本站邁向國際化,同時期望本站新航廈完成啟用後,能促進地方繁榮。