為提供民眾及旅客更為舒適及便利之洽公及搭機環境，方便民眾洽公及搭機時能得到妥適之服務及諮詢。花蓮航站於一、二樓設置服務台，提供親善服務，優質化服務品質。於地上一樓設置開放、挑高、明亮、綠化、瀑布水景尺度親切氣氛愉悅之咖啡廣場、商店、展示空間，配合旅客到離站等候、休憩、動線設置。同時設置有人壽保險櫃臺、電話服務自動提款機、金融服務等，方便洽公商務及遊客使用。

為鼓勵旅客儘量使用自行車旅行，並提升航空站為民服務品質，本站增設鐵馬休息區自行車打氣設備，以響應政府節能減碳政策，歡迎遊客多加利用。

服務台服務項目〈服務時間：07：00-21：00〉
一般諮詢〈航班、交通、服務設施與電話等資訊〉
．失物備案與領取
．郵政代辦〈普通掛號、限時掛號、報值掛號、快遞、郵票〉
．代售電話卡
．兌換硬幣
．廣播協尋旅客
．輪椅使用服務
．育嬰室使用服務
．自行車借用服務
．打氣筒借用服務
．貴賓室接待
．旅遊諮詢〈協助旅客上網查詢旅遊相關資訊〉
．填寫巡場紀錄〈1日巡場3次，以維護環境安全與衛生